Deniz suyu arıtmak beraberinde birkaç sorun getiriyor. Örneğin yüksek hacimde arıtma yapabilen tesisler büyük miktarda enerjiye ihtiyaç duyuyorlar. Bu yüzden enerji konusunda ciddi sorun yaşayan ülkelerde tuzlu su arıtma tesisleri kurmak bir hayli zor. Dahası fosil yakıt kullanan tesisler sera gazı salınımına ciddi katkılarda bulunuyor. Küresel sera gazı salınımıyla tetiklenen iklim değişikliği ise karşılığında temiz su kaynaklarını tehdit ediyor.
